En 1571, le parlement de Bordeaux exigea la libération d'esclaves noirs amenés dans le port de la Lune pour y être vendus. Le premier voyage négrier bordelais s'effectue un siècle plus tard en 1672, mais jusqu'en 1740, les Bordelais envoient seulement 24 navires. L'apogée de la traite négrière bordelaise se situe à la fin du XVIIIème siècle, et Bordeaux dépasse même en 1786 son « concurrent » nantais, en développant en particulier la traite sur la côte est de l'Afrique.

La traite négrière bordelaise permet de développer le commerce sucrier des Antilles et notamment celui de Saint-Domingue. De formidables fortunes s'édifient, fondées sur l'esclavage, soit avec le commerce des denrées coloniales, produit du travail des nègres, soit en tant que propriétaires de plantations aux îles. Si la traite négrière contribua à développer la puissance économique de Bordeaux, c'est essentiellement le commerce des denrées coloniales, produites par les esclaves, qui a enrichi la ville.
 
Selon l'historien Éric Saugera, entre 1685 et 1826, 186 armateurs bordelais participent directement à la traite négrière avec plus de 508 expéditions. Celles-ci sont à l'origine de la déportation de plus de 130 000 esclaves noirs vers les possessions françaises. Parmi ces négriers, la majorité, soit 105 maisons, organisent une seule expédition et une minorité en organise plus de 10. ​​​​​​​La ville se place en deuxième position des ports français, derrière Nantes, pour l'ensemble de la période concernée. 

Le Musée d’Aquitaine présente depuis 2009 des salles permanentes consacrées à l’esclavage et au commerce triangulaire.