Le musée lapidaire de 1783, crée sous l'impulsion de l'Académie de Bordeaux, est regroupé avec le Musée préhistorique et ethnographique, et le Musée d'armes et objets anciens en 1960.
Sous Georges-Henri Rivière, il prend finalement le nom de Musée d'Aquitaine : Musée d'Archéologie, d'Histoire et d'Ethnographie en 1962.
L'ensemble des collections regroupe près de 70 000 pièces, dont 5000 objets d'art issus d'Afrique et d'Océanie, témoignant de l'histoire maritime de la ville.
Le musée d'Aquitaine propose la visite de ses collections permanentes, mais aussi d'expositions temporaires.

Depuis 2009, le musée présente des salles permanentes consacrées à l’esclavage et au commerce triangulaire. Ces salles permanentes s’organisent en quatre espaces qui témoignent du rôle de la ville de Bordeaux au XVIIIème siècle et s’intéressent :

• aux modes et aux enjeux du commerce maritime bordelais, et à la place de Bordeaux dans le commerce transatlantique (Bordeaux est au deuxième rang des ports négriers de France) ;
• aux modalités de la traite des captifs auprès des marchands africains et aux conséquences des guerres coloniales ;
• à l'organisation du système esclavagiste dans les îles à sucre ;
• aux combats pour l'abolition, menés de part et d'autre de l'océan, et aux conséquences de l'esclavage dans nos sociétés en s'interrogeant sur les héritages politiques, sociaux et culturels nés de cette histoire.