Depuis les années 2010, la présence de cette statue est contestée par des militants et associations demandant son retrait. En 2015 des pancartes “ je suis esclavagiste” et "je suis raciste” ont été accrochées sur la statue afin de rappeler le rôle qu’a joué Bertrand-François Mahé de La Bourdonnais dans l’esclavage à la Réunion. En 2020 une pétition en ligne demandait le retrait de la statue, cette demande n'ayant pas eu d'effet, des anonymes ont repeint la statue en rose en 2021. 

Le 26 avril 2023, le préfet Jérôme Filippini, la maire de Saint-Denis Ericka Bareigst et le général Laurent Cluzel commandant supérieur des forces armées dans la zone sud de l'Océan Indien ont annoncé qu'en mai 2023, des travaux de réhabilitation du square la Bourdonnais où se trouve la statue étaient prévus entrainant la déplacement de cette dernière en accord avec le Ministère de la Culture. Le préfet Jérôme Filippini a également annoncé le déplacement de cette statue à la Caserne Lambert aux cotés de d'autres patrimoines militaires afin d'enrichir la connaissance scientifique du personnage. Le 4 décembre 2023 la statue a quitté le square suite à l’obtention d’un permis afin de rénover cette dernière avant qu'elle ne soit érigée devant la Caserne Lambert.

Cette décision ne fait pas l'unanimité et la voix d'associations et d'historiens s'élèvent contre celle-ci. L'historien Prosper Eve soutient que selon lui, déplacer cette statue est une "mauvaise décision" car elle permet "d'évoquer le sujet" de l'esclavage.