C'est lors du 150ème anniversaire de l'abolition de l'esclavage, en 1998, que la genèse du projet d'un mémorial prend place dans la ville de Nantes. Le Conseil municipal décide en effet l'élaboration d'un monument commémoratif sur le Quai de la Fosse.
En 2002, à l’issue d’un concours international, la Ville de Nantes retient le projet de l'artiste Krzysztof Wodiczko et de l'architecte Julian Bonder qui proposent un cheminement méditatif sur le lieu symbolique des activités marchandes maritimes nantaises. 
Le projet est accepté en 2005 et les travaux débutèrent en 2010 pour une ouverture deux ans plus tard.

Le mémorial est conçu comme l'évocation des luttes pour l'abolition de l'esclavage, celles de l'empire colonial français, comme celles encore actuelles. Le lieu d'implantation est significatif dans le sens où, directement connecté à l'estuaire de la Loire et à la mer, le quai de la Fosse évoque les activités transatlantiques de Nantes et son passé négrier entre les XVIème et XIXème siècle. Le site est également relié au palais de Justice par la passerelle Victor Schoelcher, rédacteur du décret de l'abolition de 1848.

Le Mémorial de l'abolition de l'esclavage a été réfléchi comme lieu de symbolique et de recueillement. Monument commémoratif, il a appelle à se souvenir, par une approche sensible, plutôt que d'expliquer par des faits historiques. Il fonctionne ainsi de paire avec le Musée d'Histoire de Nantes, situé dans le Château des Ducs, qui a pour mission d'analyser et de donner à voir le passé de la ville, y compris négrier.

Le mémorial a été aménagé sous une promenade végétalisée de 7 000 mètres carré.
Construit sur un passage longeant le quai, les visiteurs sont invités à descendre au bord de l'eau dans des structures, parfois quasiment fermées, rappelant le confinement extrême et l'emprisonnement du transport maritime des esclaves.
Le passage sous-terrain se poursuit par une construction en verre, offrant un point de vue sur la Loire, scène du commerce triangulaire.
Sur une esplanade végétalisée, deux mille plaques commémoratives rappellent les expéditions négrières parties de Nantes au XVIIIème siècle, ainsi que les principaux comptoirs de traite en Afrique et en Amérique. Un parcours méditatif, ponctué de citations du monde entier en rapport avec l’esclavage, s’insère dans le quai de Loire.