L'aboutissement du Musée du Quai Branly résulte notamment de la rencontre entre Jacques Chirac, président de la République de l'époque, et Jacques Kerchache, collectionneur et marchand d'art dit "primitif". 
Le musée se fonde ainsi sur une collection, regroupant des œuvres et objets du Musée de l'Homme et du musée national des Arts d’Afrique et d’Océanie de la Porte Dorée.

Le musée du quai Branly dispose d’un fond iconographique extrêmement spécialisé et sans doute l’un des plus importants en France sur la thématique de l’esclavage. Consacrées à l’histoire des regards et des voyages, de nombreuses images (peintures, gravures, dessins) livrent un témoignage de premier plan sur l’esclavage.

Ce fond iconographique peut se répartir en trois ensembles :

• Les différentes étapes de la traite : peintures et gravures relatent la capture des esclaves, leur « transport » par bateau pour les Amériques ou par voie de terre pour la traite transsaharienne.
• L’iconographie abolitionniste : un exemple pertinent de cette peinture officielle est donné par l’Allégorie de l’abolition (1849). Le tableau regorge d’éléments qui illustrent un discours très « français » avec, sur une même diagonale, la sucrière, le buste de Marianne, la cocarde sur le veston, le texte de l’abolition, et une « Marianne noire » agenouillée, avec son enfant.
• Des portraits d’esclaves : tout à fait exceptionnels, ces dessins (pastels, fusains) livrent l’envers de l’histoire officielle. Cette série de portraits correspond bien à cette histoire des regards que le musée du quai Branly défend à travers ses collections et ses expositions. Le point de vue humaniste du portraitiste redonne une liberté symbolique à ces esclaves « croqués » dans un moment de leur vie, et contribue à restituer dans leur dignité la mémoire de ces hommes et de ces femmes.

Une centaine de programmes multimédia spécialement conçus pour la muséographie sont disponibles. L’un d’eux, consacré à l'Afrique et conçu par Jean Boulègue, aborde directement la question de l’esclavage.